המשפחות היהודיות הראשונות התיישבו בפאתי סובוטיצה בשנת 1775.
מעט מאוחר יותר, היהודים מסובוטיצה ביקשו וקיבלו אישור להקים קהילה דתית משלהם.
בית הכנסת הראשון של סובוטיצה הוקם בראשית המאה ה-19. באותה תקופה התגוררו בסובוטיצה 43 משפחות יהודיות. הרב הראשון מונה והחל עידן של שיגשוג לקהילה.
יהודים התקבלו כסוחרים ובעלי מלאכה. מכיוון שלא נאסר עליהם לנסות את כוחם בתחומים חדשים, הם מילאו תפקיד מפתח בתיעוש העיר,והם התחנכו להיות רופאים, עורכי דין, פקידים.
עד מהרה נבנו בעיר בית כנסת, מקווה – מרחץ טקסים ובית יתומים יהודי.
בית הכנסת הגדול הוקם בזכות תמיכתם של חבר'ם אמידים בקהילה היהודית בשנת 1902.
במהלך תקופה זו, חלק גדול מהתעשייה והמסחר בעיר הוקם כבר על ידי הקהילה היהודית.
יותר מ-6,000 יהודים מסובוטיצה גורשו במלחמת העולם השנייה. באופן טרגי, רק אלף מהם שרדו את השואה. יותר ממחצית מאלה ששרדו את מחנות המוות הנאציים היגרו למדינה היהודית שזה עתה הוקמה: ישראל.
הקהילה היהודית מורכבת כיום מכ-250 חברים. חברי הקהילה היהודית של סובוטיצה מתכנסים ביום שישי בערב לקראת השבת וחגים דתיים אחרים "בית הכנסת החורפי".