גרמניה של היטלר פלשה ליוגוסלביה ב-6 באפריל 1941. לאחר מכן, אזור באצ'קה נכבש על ידי הונגריה.
בתחילה לא הועברו יהודים למחנות ריכוז בכמות גדולה, אך גברים יהודים הועברו למחנות עבודה בכפייה כדי לפנות מוקשים בחזית המזרחית ובמזרח הונגריה.
לאחר כניסת חיילים גרמנים להונגריה, ההחלטה "לנקות את מדינת היהודים" התקבלה ב-19 באפריל 1944.
משפחות יהודיות גורשו מבתיהן ונאלצו לעבור לגטו מאולתר מיד לאחר הכיבוש הגרמני של הונגריה, ולא יאוחר מ-10 במאי 1944.
הגטו שכן בסמוך לתחנת רכבת המשא והיה בסכנה מתמדת להיפגע מהאוויר. זה כלל כמאה בתים משפחתיים ב-15 רחובות, בהם נאלצו להתגורר כ-3,500 יהודים.
ליהודי מסובוטיצה, 16 ביוני 1944 הוא אחד הימים העצובים ביותר. באותו יום הם הוכנסו לקרונות בקר ונשלחו לאושוויץ ומחנות מוות נאציים אחרים ברחבי אירופה.
לאחר המלחמה חזרו רק 1,000 יהודים מסובוטיצה ממחנות ריכוז. הניצולים ניסו להמשיך את חייהם כאן, אך בשנת 1948 נסעו לישראל כ-800 יהודים שנותרו.
